Dans les Pays de la Loire, la LPO est très impliquée dans la préservation d’espaces emblématiques puisqu’elle gère 4 réserves naturelles nationales et 2 réserves naturelles régionales :
- RNN Michel Brosselin (St-Denis-du-Payré ; Vendée), gérée par la LPO France
- RNN Casse de la Belle-Henriette (La Faute-sur-Mer, La Tranche-sur-Mer ; Vendée), gérée par la LPO France et l’Agence des Aires Marines Protégées
- RNN de la Baie de l’Aiguillon (Vendée), gérée par la LPO France et l’OFB ;
- RNN des Marais de Müllembourg (Noirmoutier-en-l’Île ; Vendée), gérée par la LPO France ;
- RNR du Marais de la Vacherie (Champagné-les-Marais ; Vendée), gérée par la LPO France ;
- RNR des coteaux du Pont-Barré (Beaulieu-sur-Layon ; Maine-et-Loire), gérée par la LPO Anjou.
Dans la région, la LPO est également propriétaire de 1 337 ha, principalement des terres agricoles situées en Vendée et Maine-et-Loire. Grâce à son implication auprès des collectivités et de ses adhérentes, près de 2 000 sites sont labellisés Refuge, représentant une surface totale de 2 590 ha. Enfin, grâce à son implication auprès des agriculteurs, le réseau LPO accompagne 125 fermes représentant une surface de 5 650 ha (voir actions par ailleurs).